沖縄離島ドットコム

波照間海運は午前6時台はまだカウンターは開いていないと思いますよ。安栄観光は午前7時台の船もありますので6時台から開いているだけですからね。その点ご注意ください。波照間海運も安栄観光も前日に離島桟橋に寄って次の日のカウンターが開く時間を聞いておくと良いでしょう。なので安栄観光は6時台に行ってチケットだけ買って朝食を食べにホテルに戻る感じですが、その時点でダメなら7時半過ぎに波照間島へ行く準備をした状態で今度は波照間海運のカウンターへ行くって感じになると思います。
船の大きさは波照間海運の方がやや大きいですが、安栄観光の船も乗ろうと思えば30人以上乗れるのですが、いろいろ制約があって十数名の定員になっています。

ちなみに初日は11時羽田発だと直行便じゃないと思いますので、那覇空港での乗り継ぎもあるので何時に到着かはなんとも言えません。なので初日はどこかへ出かけることは期待しない方がいいと思います。出かけたとしてもバスより自転車でも借りて市街からそんなに遠くない場所（観音崎）ぐらいまで行くと良いかと思います。ハーバーの裏にレンタサイクルがありますので。

最終日はレンタカーを借りれば十分石垣島を一通り観光できると思います。�ﾗ�ｨを積んだまま観光できますので、帰りもスムーズだと思いますので（レンタカーを返却時にそのまま�ﾗ�ｨと一緒に空港まで送ってもらえばOK）。